肝脏移植手术有着严格的手术适应证，并不是对所有的肝病患者都适用。如太早期的肝病患者，由于其病症很轻，病情进展缓慢，可终身维持而无需移植新肝，一般医生会建议其在内科保守治疗；太晚期的恶性肿瘤病人也不适用肝移植，只有那些患慢性肝硬化或小肝癌（即癌细胞仅仅局限在肝脏本身）的慢性肝病患者才适合。
肝移植也有最佳手术时机，专家认为，良性肝病终末期患者只要出现过一次消化道出血现象，在一年内随时有生命危险，应当尽早进行肝移植手术；如果出现过3次以上消化道出血，即使移植了新肝也很难活下去。顽固性大量腹水患者和顽固性低蛋白血症病人靠自身系统已无法维持生命，因此需要立即移植新肝。有免疫性疾病和胆汁性肝硬化等疾病的患者，也需要及时进行肝移植手术。
肝移植的费用至少在20万以上。对于全身状况较好的普通肝病患者，从入院检查到进入手术，直至出院共需要20万～25万元的费用。而重症患者的费用，依其病情的不同有的要远远高于此数。术后头一年，患者服用的抗排斥药物费用需要七八万，如果还需服用抗乙肝药物，这一年的药费将在10万元以上。到第二年，由于用药减量，需五六万元维持。到第三年，药物再减，可能需要1万～3万元维持。
