庚肝病毒(HGV)的基因是一个类似于黄病毒样的新的核糖核酸(RNA)序列。与世界基因库和SWISS—PROT中储存的所有发表的公认基因序列无任何同源性，并且与人、黑猩 猩、酵母苗及大肠杆菌基因组脱氧核糖核酸(DNA)间也无同源性。从种系进化分析表明HGV与GB肝炎病毒(GBV)—C、GBV—A间亲缘关系最近。
基因序列分析表明，HGV／GBV-C基因组长度为92Kb，3，端为非结构基因，5’端为结构基因，有1个可编码2 900个氨基酸的大开放读码框架(ORF)；其中包括1个编码螺旋酶的序列(Helicase)、2个编码蛋白酶的序列和1个编码RNA依赖的RNA多聚酶(RDRP)序列。另外，HGV的3’端非结构区基因与GBV—A／C，丙肝病毒和GBV-B的相同区域存在较高的同源性，而HGV的5，端结构基因区与丙肝病毒和GBV—B同一区域的差异性极大。
