多数丙肝患者HCV的复制主要局限于肝脏。不过，目前已发现了至少36种与HCV感染相关的多种肝外病变表现。肝外病变表现的患病率尚未阐明，但观察结果提示，HCV参与肝外病理过程。
HCV感染具有两种可造成肝外病变的免疫学特点。第一个特点是病毒可逃避免疫清除。这一特点导致慢性感染、循环免疫复合物积聚、与慢性病毒感染有关的自身免疫现象。第二个特点是病毒可刺激单克隆类风湿因子（mRF）的产生。多数患者的mRF具有高度限制性，称为"WA"mRF。这一特点可引起作为多数症状性冷球蛋白血症性脉管炎病因的HCV感染相关性II型冷球蛋白血症（HCV-II型冷球蛋白血症），或称为Melzer-Franklin综合征。虽然这一临床表现和全部肝外病变均相对少见，但由于其发病率和死亡率的增加成为HCV感染的主要肝外病变表现。
混合型冷球蛋白血症的发病率随肝炎的年限而升高，患有混合型冷球蛋白血症的丙肝患者的病程是无冷球蛋白血症的患者的两倍。但对于其确切的患病率报告由于病人选择的偏差而结果不一（35－90％）。
与HCV相关的肾病也是目前的讨论较多的话题，NIH最近召开的关于HCV与肾病的研讨会上再次探讨了为什么一些冷球蛋白与肾损伤有关，而另外一些不会，是否非冷球蛋白血症相关的肾炎由HCV引起等问题。mRF是丙肝患者发生冷球蛋白血症性肾病的主要致病因子。关于非冷球蛋白血症相关的肾炎与HCV的关系尚待进一步的研究阐明。
对于B细胞感染和淋巴瘤的形成目前的假说是HCV的肝外向性，特别是淋巴向性造成了肝外病变表现，认为淋巴向性参与了自身抗体和非Hodgkin B细胞淋巴瘤（B-NHL）的产生。但尚无确切的证据表明恶性肿瘤细胞中存在病毒，目前重要的问题是HCV是否会在正常B细胞中复制和是否直接导致淋巴瘤生成或淋巴瘤生成是HCV驱动的B细胞增值从而引起的一个随机的过程。
